Rabu, 05 Maret 2008

01. Bakteri

BAKTERI

Klasifikasi makhluk hidup
A. Metode lama.
1.Superkingdom Prokariota
a. Kingdom Monera (Eubacteria dan Archaeabacteria)

2.Superkingdom Eukariota
b. Kingdom Protista : eukariota bersel tunggal ® terdiri dari 3 bagian
- Protophyta
- Protomycota
- Protozoa
c. Kingdom Fungi ……. Absorbsi
d. Kingdom Plantae…… fotosintesis
e. Kingdom Animalia…..ingesti


B. Metode baru
1.Superkingdom Prokariota
a. Domain Bacteria
b. Doman Archaea

2. Superkingdom Eukariota
c. Domain PROTISTA: protozoa, Krisofita, slime molds (termasuk CHROMISTA): diatomae, haptofita
d. Domain FUNGI: fungi (kapang + khamir), lichenes
e. Domain PLANTAE:tumbuhan, algae, bryophytes,
f. Domain ANIMALIA: (Metazoa) hewan




MIKROBIOLOGI:
ilmu yang mempelajari tentang mikroorganisme/mikroba/jasad renik
1. Bakteri
2. Archaea
3. Jamur mikroskopis
4. Virus
5. Protozoa
6. Mikro algae



Eubacteria
- Common name: Bacteria
- Unicellular prokaryotes
- No introns in genome
- Peptidogylcan in cell wall
- Basic shapes are cocci, bacilli, spirilla
- Diverse nutrition and respiration
- Reproduce by binary fission, conjugation,transformation, and transduction

Archaebacteria
- Cell wall does not contain peptidogylcan
- Cell membrane contains unusual lipids not found in other organisms
- Genes are interrupted by introns
- Classified into three groups:
1. Methanogens—poisoned by O2
2. Thermaphiles—live in extreme temps.
3. Halophiles—live in high saline



BAKTERI

Prokariota ® tidak mempunyai membran inti ~ materi genetik terletak dalam sitoplasma/nukleoid

Bakteri
1. Bacteria
2. Archaea: kelompok bakteri yang hidup pada habitat extrim, mis: sumber air panas, laut dalam.


MORFOLOGI SEL BAKTERI
- Ukuran sel bakteri 0,2 –10 mm
- Antar jenis bakteri dapat dibedakan berdasarkan: bentuk, komposisi kimia, kebutuhan nutrisi dan aktivitas biokimia.
- Secara umum bentuk sel bakteri dapat diamati dengan mikroskop cahaya
- Bentuk dasar sel bakteri terdiri atas 3 macam, yaitu ; coccus bacil dan spiral
- Bakteri berkembang dengan pembelahan biner ~~ sejumlah sel anak bergabung membentuk kelompok = koloni

4 Coccus (bulat),:
- Micrococcus: tersendiri
- Diplococcus: berpasangan dua-dua
Streptococus pneumonia: diplococcus berbentuk lanset
Neiseria gonorhoea: diplococcus seperti biji kopi
- Tetrade: tersusun rapi empat-empat ® Gaffkia tetragena
- Sarcina: tersusun delapan sel dalam bentuk kubus ® Sarcina lutea
- Streptococcus: tersusun seperti rantai ® Streptococcus viridans
- Staphylococcus: berkelompok seperti buah anggur ®S. albus

4 Basil: (batang)
- Diplobacilli: tersusun dua-dua
- Streptobacilli: tersusun seperti rantai
- Cocobacilli: batang yang sangat pendek menyerupai coccus
- Fusiformis: batang dengan kedua ujung runcing
- Batang halus panjang : Haemophylus influenza

4 Spiral
- Koma: seperti batang bengkok ® Vibrio
- Spiral : berbentuk spiral halus, elastis dan fleksibel, dapat bergerak dengan filamen aksial: bentuk gelombang ® Borrelia
spiral halus dan teratur ® Treponema
spiral dengan kait pada ujung ® Leptospira

4 Pleomorfik: mempunyai banyak bentuk ® Rhizobium leguminosorum





STRUKTUR SEL BAKTERI
1. Flagel
2. Filamen aksial
3. Pili (Fimbria) diluar didinding sel
4. Kapsul
5. Dinding sel
6. Membran sitoplasma
7. Nukleoid
8. Ribosom
9. Mesosom dalam dinding sel
10. Spora
Flagel
- adalah bagian sel yang berbentuk seperti benang Ø 12-30 nm, umumnya terdiri dari protein (flagelin)
- fungsi: alat gerak
- Flagel mudah lepas, namun dapat tumbuh kembali dalam waktu 3-6 menit
- Macam flagel:
1. Monotrikh: flagel tunggal, terdapat pada ujung sel ® Vibrio
2. Lofotrikh: flagel >1 disalah satu ujung sel ® Pseudomonas
3. Amfitrikh: Flagel satu atau lebih di kedua ujung sel ® B. cereus
4. Peritrikh: Flagel terdapat di sekeliling sel ® Proteus
- Flagel dapat dilihat dengan:
- Pewarnaan flagel
- Mikroskop lapangan gelap
- Ditanam pada medium semi solid
- Tetes tegak/gantung pada mikroskop biasa

Filamen aksial:
- Struktur sama dengan flagel
- Fungsi alat gerak pada Spirochaeta

Pili (Fimbria)
- adalah rambut pendek, yang terdapat di seluruh badan sel
- biasanya terdapat pada bakteri negatif Gram
- fungsi: - untuk adhesi bakteri dengan sel tubuh hospes ® faktor virulens konjugasi antar 2 bakteri ® transfer plasmid dari sel donor ke sel resifien

Kapsul
- Beberapa bakteri mensintesis polisakarida yang berkondensasi dan membentuk lapisan disekeliling sel
- Pada medium agar, koloni bakteri berkapsul akan terlihat berlendir
- Bakteri berkapsul tahan terhadap efek fagositosis ® faktor virulen


Dinding sel ® Komposisi senyawa kimia dinding sel
· BakteriPositif Gram:
- Asam teikoat
- Peptidoglikan > tebal (asam amino, N-asetilglukosamin, Asam N-asetilmuramat)
- Membran sitoplasma

· BakteriNegatif Gram:
- Lipopolisakarida
- Fosfolipid
- Lipoprotein
- Peptidoglikan > tipis
- Membran sitoplasma

Membran plasma
- mengatur keluar masuk zat kedalam dan keluar sel

Nukleus
- tidak mempunyai membtan inti ® nukleoid
- materi genetik: kromosom tunggal

Mesosom:
- terbentuk dari invaginasi membran plasma kearah dalam
- berperan dalam pembelahan sel
- Kromosom bakteri (DNA) melekat pada septal mesosom

Spora
- Bentuk istirahat, bila keadaan lingkungan tidak menguntungkan: kering, panas dan zat kimiawi
- Bila lingkungan membaik bergerminasi kembali membentuk sel vegetatif.
- Letak spora spora:terminal, subterminal dan sentral



KLASIFIKASI BAKTERI

Kingdom bakteri:
- Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, 1993 ® Prokaryota, yang selanjutnya dikelompokan menjadi 35 bagian 560 genus

Strain ®Species ® Genus ® Famili ® Ordo ® Bagian ® Divisi ® Kingdom
Species: populasi sel dengan karakteristik yang sama.
Strain: anggota dari species yang mempunyai spesifikasi yang berbeda

Kelompok bakteri berdasarkan struktur sel
a. Bakteri berfilamen
b. Bakteri sejati
c. Spirokhaeta
d. Mycoplasma
e. Rickettsia dan Chlamydia
A. Bakteri berfilamen
- Actinomyces, Nocardia, Streptomyces, Mycobacterium
- Sebagian besar dapat bercabang menghasilkan sejenis miselium
- Dalam kesehatan sebagai patogen atau menghasilkan antibiotic

B. Bakteri sejati
· Kokus:
Gram positif → Staphilocoiumccus, Streptococcus, Enterococcus
Gram negatif → aerob: Neisseria , anaerob:Veillonella
· Basil:
Gram + berspora → aerob:Bacillus, anaerob: Clostridium
tidak berspora → aerob:Corynebacterium, Listeria,
anaerob: Lactobacillus, Eubacterium
Gram - aerob → Enterobacteria: Escherichia, Klebsiella, Salmonella,
Pseudomonas : Pseudomonas, Alcaligenes
Parvobacteria: Haemophilus, Bordetella, Brucella
anaerob → Bacteroides, Fusobacter

· Vibrio (koma): Gram - → Vibrio, Spirillium, Campylobacter, Helicobacter

C. Spirokhaeta
- Slinder dan lentur , bergerak tanpa flagel, termasuk gram negatif, dilihat secara alami tanpa diwarnai (lihat dengan mikroskop lapangan gelap)
- Dibedakan berdasarkan ukuran dan bentuk gelombang
- Borrelia Treponema Leptospira

D. Mycoplasma
- Berbeda dengan bakteri sejati, ukuran lebih kecil dan tidak mempunyai dinding sel , pleomorfik, sensitif terhadap tekanan osmotik eksternal

E. Rickettsia dan Chlamydia
- Bentuk batang, bulat, atau pleomorfik, lebih kecil tapi masih dapat dilihat dengan mikroskop cahaya
- Bersifat parasit, hanya dapat tumbuh dalam jaringan hidup
- Chlamydia sama seperti Rickettsia, tapi mepunyai siklus intraseluler yang lebih kompleks

PEWARNAAN BAKTERI
Tujuan: - untuk melihat bentuk dan strktur bakteri

Hal yang perlu diperhatikan
- Objec glass harus bersih dan bebas lemak
- Umur biakan: 18-24 jam, kecuali Mycobacterium tuberculosis, bila lebih dari 24 jam struktur dan bentuk dapat berubah
- Kualitas zat warna
- Tebal tipis sediaan

Cara membuat sediaan
1. Siapkan object glass bersih
2. Tetes kan larutan NaCl 0,9%, tambahkan biakan bakteri
3. Ratakan setipis mungkin membentuk lingkaran
4. Biarkan sediaan mongering diudara (jauh diatas api)
5. Fiksasi (lewatkan diatas api) 3 kali →mematikan, merekatkan bakteri

Cara membuat sediaan hapus
1. Siapkan object glass bersih
2. Teteskan suspensi bakteri dengan ose pada ping gir sudut object glass
3. Teteskan zat warna negrosin (tinta cina) pada sisi sudut lain
4. Campurdan apuskan (ratakan dengan object glass lain)
5. Keringkan dan fiksasi

Macam-macam pewarnaan
1. Pewarnaan negatif
- Bakteri tidak diwarnai, tapi mewarnai latar belakang
- Ditujukan untuk bakteri yang sulit diwarnai, seperti spirochaeta
2. Pewarnaan sedehana
- Menggunakan satu macam zat warna (biru metilen/air fukhsin)
- Tujuan hanya untuk melihat bentuk sel
3. Pewarnaan diferensial
- menggunakan lebih dari satu macam zat warna
- Tujuan untuk membedakan antar bakteri
- Contoh: Pw. Gram, Pw. Bakteri Tahan Asam
4. Pewarnaan khusus
- Untuk mewarnai struktur khusus/tertentu dari bakteri→ kapsul, spora, flagel dll
Cara pewarnaan negatif
- Sediaan hapus → teteskan emersi → lihat dimikroskop

Cara pewarnaan sederhana
- Sediaan → teteskan zat warna, biarkan selama 2 menit → cuci (bilas dengan air mengalir) → keringkan dg kertas saring → teteskan emersi → mikroskop

Cara pewarnaan Gram
- Sediaan → teteskan gentian violet 5 menit → cuci → teteskan lugol 1 menit → cuci → celupkan kedalam alkohol 96% 30 detik → cuci → teteskan air fukhsin 2 menit → cuci → keringkan dg ketas saring → emersi → mikroskop
- Hasil : Gram + ungu, Gram – merah

Cara pewarnaan tahan asam (pew. Ziehl-Nelson)
- Sediaan → teteskan karbol fukhsin → panaskan 5 menit ~ keluar uap → cuci → teteskan H2SO4 5% 2 detik → cuci d alcohol 60% → cuci dg air → teteskan metil biru 2 menit → cuci → keringkan → emersi → mikroskop
- Hasil: Bakteri tahan asam merah, tidak tahan asam biru
- Prinsip: Bakteri tahan asam mempertahankan warna merah setelah diberi H2SO4

Cara Pewarnaan kapsul (pew. Gins Burri)
- Sediaan hapus → teteskan karbol fukhsin 5 menit (panaskan sebentar denga api kecil) → cuci → keringkan dg kertas saring → emersi→ mikroskop
- Hasil: kapsul tidak berwarna, sel merah, latar belakang hitam
- Prinsip: Kapsul mudah ditembus zat warna, tapi sukar diwarnai

Cara Pewarnaan spora ( Pew. Klein)
- Buat suspensi bakteri dengan cara tambahkan 1,5 mL NaCl 0,9% steril kedalam tabung agar miring biakan bakteri → angkat koloni bakteri dengan ose → pindahkan susensi ketabung kosong steril
- Suspensi bakteri →tambahkan karbol fukhsin (1:1)→ panaskan dalam water bath pada suhu 80⁰C selama 10 menit
- Buat sediaan → teteskan H2SO4 1% 2detik → cuci → teteskan metil biru 2 menit → cuci→ keringkan dg kertas saring → emersi → mikroskop
- Hasil: spora merah, badan sel (vegetatif) biru
- Prinsip: dengan pemanasan pori-pori dinding spora akan membesar sehingga zat warna dapat masuk